Uma de suas atrações é o órgão, que foi
inaugurado em 1913 com um concerto dado pela maior pianista brasileira, Guiomar Novaes (1894–1979).
O instrumento tem 1.300 tubos de até seis metros de altura, uma pedaleira com 30 teclas
e dois teclados com 56 teclas cada um, e foi fabricado na Alemanha por Wilhem Sauer.
O órgão ficou inativo por uma década, até ser restaurado em 2014; hoje, é possível escutar seu som maravilhoso nas missas aos domingos. Estima-se que existam apenas dez órgãos como esse em atividade no país.
Mas esta não é a única atração que motiva a visita à igreja de Santa Cecília: em seu teto, há uma belíssima pintura de Nossa Senhora da Imaculada Conceição, feito pelo famoso pintor Benedito Calixto, que também pintou outros murais na igreja. O sino vem da antiga igreja da Sé.
A igreja merece uma visita; o acesso a ela é muito fácil - a partir de Jundiaí, trens ou ônibus de linha destinados à estação Barra Funda, permitem tomar o metrô até a estação do mesmo nome.